Công đoàn Đại học Huế được thành lập vào ngày 29 tháng 10 năm 1994, qua 15 năm xây dựng và phát triển, Công đoàn ĐH Huế đã trở thành một Công đoàn có quy mô lớn, với 2905 đoàn viên đang sinh hoạt trong 15  tổ chức Công đoàn cơ sở trực thuộc. Từ 40 ngành đào tạo lúc mới thành lập, đến nay Đại học Huế đã có 91 ngành đào tạo đại học, 62 chuyên ngành đào tạo sau đại học, 22 chuyên ngành đào tạo Bác sĩ chuyên khoa cấp I, II.  Trong những năm qua, được sự quan tâm, động viên, hỗ trợ kịp thời của các cấp công đoàn, nhiều thầy, cô giáo đã biên soạn hàng trăm giáo trình, bài giảng, tài liệu tham khảo, tích cực đổi mới nội dung, phương pháp giảng dạy, xây dựng  hàng trăm công trình, đề tài nghiên cứu khoa học có giá trị ứng dụng thực tiễn cao. Bên cạnh các hoạt động chuyên môn,  các phong trào đền ơn đáp nghĩa, các hoạt động nhân đạo từ thiện, hoạt động văn hóa, văn nghệ thể dục thể tháo được các cấp Công đòan chú trọng, thu hút sự tham gia của đông đảo lực lượng đoàn viên Công đoàn. Cùng với các ban ngành đoàn thể chính trị khác, Công đoàn Đại học Huế đã góp phần không nhỏ  trong việc xây dựng Đại học Huế ổn định và phát triển vững chắc, từng bước trở thành  trung tâm đào tạo đa ngành đa lĩnh vực chất lượng cao, có quy mô ngày càng mở rộng , đáp ứng nguồn nhân lực có trình độ cao cho sự nghiệp CNH –HĐH đất nước, phấn đấu để ĐH Huế sớm trở thành Đại học quốc gia. Với những thành tích đã đạt được trong những năm qua, Công đoàn Đại học Huế vinh dự được Chủ tịch nước trao tặng Huân Chương Lao động Hạng III.